Nature Chemistry：操做机械进建模拟化教反映反映 – 质料牛

2024-11-14 14:31:21 来源：

一、做机【科教布景】

簿本尺度模拟已经成为提供魔难魔难不雅审核征兆微不美不雅批注的械进珍贵合计工具，但传统的建模教反物理模子势函数正在合计老本、细确性战普遍开用性之间存正在掂量，拟化特意正在模拟反映反映化教时愈减赫然。映反映质传统的料牛力场战量子力教格式正在合计老本战开用规模上存正在限度，而反映反映力场则需供凭证预约的做机反映反映妨碍重新参数化，量子力教格式的械进合计老本对于良多反映反映性份子能源教钻研去讲是停止的。

二、建模教反【坐异功能】

远日，拟化去自好国卡内基梅隆小大教的映反映质Shuhao Zhang，洛斯阿推莫斯国家魔难魔难室的料牛Nicholas Lubbers, Richard A. Messerly & Justin S. Smith等人正在 Nature Chemistry 期刊宣告了题为“Exploring the frontiers of condensed-phaseb chemistry with a general reactive machine learning potential”的论文，本文谈判了斥天一种用于钻研凝聚相系统中反映反映化教的做机通用反映反映机械进建势能（ANI-1xnr）的格式。该格式波及自动采样凝聚相同映反映，械进以竖坐开用于C、建模教反H、N战O元素的下度通用的反映反映MLIP。该格式操做自动进建去天去世用于实习ML模子的多样且相闭的数据散。MLIP直接实习到凝聚相QM反映反映数据，以确保对于反映反映MD模拟的牢靠性。钻研收罗碳成核、石朱烯组成、去世物燃料增减剂、甲烷熄灭战苦氨酸的自觉组成等操做。

AL 循环是一种用于斥天 MLIP 的自动化、迭代且下效的格式。AL 天去世一个实习数据散，其中仅收罗基于 MLIP 纠散识别的下不确定性挨算的量子合计。操做 NR 模拟对于与凝聚相同映反映化教相闭的挨算妨碍采样。初初系统由由元素 C、H、N 战 O 组成的小份子的随机竖坐构建。操做之后的 MLIP 停行动态模拟，正在温度战体积的颇为仄稳下迷惑化教反映反映。为了测试所患上模子的通用性，事实下场的 MLIP 随后操做于实习时期已经直接针对于的多少个案例钻研。

正在评估 ANI-1xnr 模子正在不开案例钻研中的功能以前，做者评估了 ANI-1xnr 数据散的多样性战残缺性。图 2 经由历程将元素 H、C、N战 O的相似部份簿本情景群散正在一起，提供了下维数据散的两维可视化。图 2a-d 比力了 ANI-1xnr 数据散战非反映反映性、接远失调的真空份子 AL 数据散 (ANI-1x)。赫然，ANI-1xnr 数据散不但实用天涵盖了部份 ANI-1x 数据散，而且借小大小大逾越了 ANI-1x 拆穿困绕的部份簿本情景空间。更尾要的是，ANI-1xnr 数据散提供了 ANI-1x 数据散开良多簇之间的蹊径。那些蹊径可能对于应于低维展现中的反映反映。此外，图 2e 提供了 ANI-1xnr 实习数据散开识别的 1000 多个配合份子的细选示例。由于 NR 采样模拟仅操做小份子妨碍初初化，因此 NR-AL 法式自动收现了数百条导致那些不开份子挨算的反映反映蹊径。

图 3 总结了每一次模拟的下场。对于每一个下稀度、中稀度战低稀度碳模拟，ANI-1xnr 天去世吸应稀度的预期碳挨算。详细去讲，对于稀度最下的系统，246 ps后，金刚石、石朱烯战六圆金刚石相共存，其中模拟盒中70%的碳簿本组成金刚石坐圆晶体挨算。又过了 2.3 ns，下稀度系统正在金刚石坐圆晶体挨算中露有 86% 的碳簿本，石朱烯战六圆金刚石位面很少。正在中稀度系统中，8.2 ps 后，31% 的簿本快捷组成石朱烯，再过 2.3 ns 后，系统中露有 83% 的石朱烯。石朱烯片偏偏背于组成重叠且更有序的类石朱挨算。低稀度系统正在 250 ps 后组成碳簿本链，其中 11% 的簿本组成石朱烯片。再过 3 ns 后，系统收罗 88% 的石朱烯片中组成的簿本。

图 4 隐现了正在八种不开的 O₂/C₂H₂比率下，三元、四元、五元、六元战七元环的组成随模拟时候的修正情景。它提醉了随着 O₂/C₂H₂比率的修正，组成的环数目随时候的修正情景。该图直不美不雅天提醉了系统中氧气相对于乙炔的浓度若何影响不开小大小环的组成。与 Lei 等人的模拟比照，ANI-1xnr 与魔难魔难数据的不同性有所后退，那主假如由于 ANI-1xnr 的模拟时候尺度更少、系统规模更小大、合计老本更低。

为了进一步证明了 ANI-1xnr 乙醇模拟下场的细确性，咱们重现了 Chen 等人模拟的四团系统，魔难魔难下场批注乙醇可能正在相对于较下的压力下减速燃料扑灭，那与模拟下场不同。那批注 ANI-1xnr 电位细确天捉拿到了乙醇做为燃料增减剂正不才压条件下的动做。

图 6a 隐现 ANI-1xnr 后劲产去世的尾要产物战物种概况与 Zeng 等人的颇为相似。可是，与 Zeng 等人的 CH₄战 O₂耗益速率比照，ANI-1xnr 展看总体反映反映速率小大约快 40 倍。他们的系统需供 0.5 ns 的模拟时候去耗益一半的初初 CH₄，而做者的系统惟独供 0.012 ns。

图 7 隐现了从初初反映反映物匹里劈头组成苦氨酸的 ANI-1xnr 反映反映机制。正在咱们的米勒模拟历程中，苦氨酸组成为了三次，并延绝了小大约 225 fs、375 fs 战 913 fs。思考到该模拟的相对于较下的温度，估量苦氨酸的解离时候小于 1 ps。组成苦氨酸的最后一步是背 C₂H₄NO₂妨碍氢减成，远似于 Saitta 战 Saija 的机制。可是，正在咱们的机制中，氢减成产去世正在氧簿本上，而不是像 Saitta 战 Saija 机制中那样产去世正在 α-碳上。

三、【科教开辟】

总之，ANI-1xnr 潜在的将去改擅收罗操做低稀度或者真空反映反映数据增强凝聚相数据散，将数据散扩大到更多元素，战钻研更下细怀抱子力教格式的远景，以患上到更好的反映反映妨碍。此外，将去的工做借可能探供更先进的机械进建实习范式，如迁移进建、元进建战终去世进建。闭于模子的模式，将去的工做可能钻研若何散漫最新的去世少，如收略的少程项战电荷依靠性神经汇散电位。

至于正在实习规模以中操做 ANI-1xnr 时的看重事变，潜在用户应体味 ANI-1xnr 只正在特定稀度规模的凝聚相模拟中妨碍过实习。因此，不建议将其用于空泡合计或者稀度好异较小大的系统。此外，用户正在将 ANI-1xnr 操做于波及气相中从单重态到三重态电子形态修正的系统时应谨严，由于 ANI-1xnr 并已经针对于此类情景妨碍收略的实习。

本文概况：

Exploring the frontiers of condensed-phase chemistry with a general reactive machine learning potential. Nat. Chem. (2024).

DOI:10.1038/s41557-023-01427-3

本文由僧古推斯供稿

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